Existe una gran reja de metal entre la iglesia y el coro bajo, que es donde se ubicaban y ubican actualmente las religiosas para la celebración de la sagrada misa, para separar la clausura del mundo exterior. En la parte superior se encuentra el coro alto donde hay un grande y antiguo órgano europeo de muy bella manufactura.

Bella y antigua iglesia de larga nave y de cúpula de media naranja, que tiene una construcción de planta básica de 1660 aproximadamente. Esta, debido a diversos terremotos que sacudieron la ciudad de Arequipa desde la época de la colonia, ha sido reconstruida varias veces respetando su original diseño.

Su altar principal es de plata repujada que representa un trabajo muy esmerado, con bellos y delicados motivos religiosos, de los antiguos artesanos a los que se les encomendó la obra.

En la misma encontramos interesantes habitáculos para los confesores de las religiosas que se encontraban en clausura. Asimismo, se aprecia un bello altar dedicado a la Beata Sor Ana de los Angeles Monteagudo.