Al iniciarse la labor de restauración del Monasterio antes de su apertura, se encontró diseminada en toda su extensión una gran colección de cuadros de predominante motivo religioso, exponentes de la pintura virreynal del Perú.

Aproximádamente 400 piezas fueron restauradas o "refrescadas", para que recuperasen su aspecto original. La labor de manos expertas ha devuelto al observador de hoy, una colección de extraordinario valor artístico e histórico.

Las principales obras son expuestas en un escenario majestuoso: dos inmensas salas de alta bóveda, dispuestas en cruz, en las cuales se ha retirado el estuque, dejando las paredes en sillar. Al costado otra bóveda más pequeña completa la unidad arquitectónica dedicada al Museo.

En la Pinacoteca podemos observar una de las muestras más importantes del arte religioso del Continente. Además de una numerosa colección de obras de la llamada Escuela Cusqueña de pintura, máxima expresión de la fusión de los sentimientos y valores de dos culturas: la incaica y la española. Los artistas indios de los siglos XVI - XVIII alcanzaron extraordinaria habilidad artística y artesanal en sobresalientes obras de inspiración religiosa, famosas por la originalidad de estilo, la profundidad de la expresión y el uso de oro en su acabado.